دانشگاه علوم پزشکی ایرانشهر در تیر ماه سال 1392 از دانشگاه علوم پزشکی زاهدان با دو شهرستان ایرانشهر ودلگان منفک گردید. در سال 1393 چهار شهرستان سرباز ، نیکشهر ، فنوج و قصرقند به این دانشگاه اضافه شدند و در سال 1397 سه شهرستان چابهار ، کنارک و مهرستان به مجموعه دانشگاه علوم پزشکی ایرانشهر الحاق گردیدند. در حال حاضر با اضافه شدن شهرستان بمپور به تقسیمات استانی این دانشگاه با تحت پوشش قرار دادن 10 شهرستان و داشتن بیش از 290 کیلومتر مرز مشترک خاکی با کشور پاکستان و 370کیلومتر مرزآبی در کرانه های شمالی دریای عمان دارای موقعیتی ویژه در کشور و استان سیستان و بلوچستان است. استان سیستان و بلوچستان با مساحت 181000 کیلومتر مربع به عنوان پهناورترین استان کشور و دارای بیشترین مرزهای آبی و خاکی در کشور، علیرغم تمامی پتانسیل هایش، پائین ترین شاخص های حوزه های بهداشت و درمان را دارد. این شاخص های پایین در جنوب استان به شدت حادتر از شمال استان است به گونه ای که پایین ترین شاخص تخت بیمارستانی و همچنین پایین ترین شاخص نسبت پزشک به جمعیت را دارا می باشد. لذا دانشکده پزشکی ایرانشهر، در راستای پاسخ به نیاز آموزش، درمان، پژوهش و ارتقای سلامت جامعه تاسیس شده است تا از طریق تربیت نیروی انسانی توانمند و متعهد در رشته های علوم پایه و پزشکی به این نیازها پاسخ دهد. دانشکده پزشکی با روحیه ی همکار و احترام، متعهد به ارائه یکپارچه آموزش، پژوهش و مراقبت مبتنی بر شواهد در راستای پاسخگویی به نیازهای سلامت جوامع روستایی، مناطق دور دست و حمایت از عدالت، سلامت ساکنین منطقه و گروه های جمعیتی از طریق ایجاد ائتلاف با ذینفعان حوزه ی سلامت می باشد.